政治犯的历史在“赤道上的翡翠”(荷兰对印尼的别称)已经有几个世纪之久了。早在荷兰东印度公司的年代，异见人士就受到严厉地压迫。
政治犯的历史在“赤道上的翡翠”(荷兰对印尼的别称)已经有几个世纪之久了。早在荷兰东印度公司的年代，异见人士就受到严厉地压迫。
激烈批判者先被囚禁，然后被放逐到边远地区。17世纪时，马加撒的一位伊斯兰教师Syekh Yusuf就遭到了这样的待遇。由于他的异见，他和他的家人被荷兰东印度公司驱逐到南非的开普殖民地。
爪哇王子Diponegoro于19世纪30年代掀起了一场长达5年的反对荷兰统治者的战争。在被邀请谈判时他被诱擒，此后他便流亡马加撒，度过余生。
印尼爱国主义
20世纪初，印尼的爱国主义情结高涨，成为荷兰-印尼殖民政府的一个心头大患。爱国主义运动的领袖苏加诺、 哈达以及其他人经常被捕、囚禁、或被发配到岛屿的边疆。然而，他们所代表的印尼大众的理想和意见却无法被打压。
1945年，苏加诺和哈达宣布印度尼西亚共和国独立。第二次世界大战后荷兰执意对其殖民地的继续控制，独立的印尼共和国由此与荷兰进行了艰苦地斗争，之后终于获得安宁。苏加诺和哈达也成为了印尼的第一任总统和副总统。
南摩鹿加共和运动
年轻的印尼民主共和国在独立后仍然需要处理去殖民化后的各项事宜。那些不愿加入共和国的地方组织，如南摩鹿加共和运动（RMS），全都被新政府所镇压。组织的成员也被多年囚禁。
在50年代末，苏加诺统治下的政府变得更加独裁。他宣布了“指导下的民主”的原则以及少数有限的政党。各位政要，如印尼的首任总理以及社会党的领导人沙里尔，均与家人一同被拘留。对总统的政治团体持批判意见的新闻记者也不例外。大印度尼西亚报的主编Mochtar Lubis由于他的批判被软禁在家，并多年深坐铁窗之中。
苏哈托
1965年，当时还名不见经传的苏哈托将军在一场纠杂着共产党的军事政变中掌权，这场政变的始终至今都善鲜为人知。紧接下来的暴力恐怖中，成千上万被怀疑为共产党员或同情者的人被杀。
著名作家帕拉莫迪亚幸免于难，他是艺术家协会LEKRA的主要成员，而该协会当时与共产党同盟。但与他同持反对意见的数千人一样，他常年受拘禁。直到1979年，他和其他数千人仍被囚困于摩鹿加的布鲁岛上艰苦的环境中。被释放后，他仍多年被软禁在家。其他人也一样。几十年来，他们和他们的家人被扣上（前）共产党员的帽子，这也使他们无法参与竞争好职位。
新秩序
被称为“新秩序”的苏哈托军事政权之后依然使用暴力统治。1974年，在日本首相访问期间，雅加达发生了大规模的反抗。之后，又一轮的抓捕开始。在苏加诺政府下因持异见被逮捕的新闻工作者Mochtar Lubis再次被捕，他的报纸也被禁。
苏哈托于1998年的辞职意味着独裁新秩序的终结。印尼当时进入了前无史例的民主时代，新闻自由、言论自由。严格的新闻管理法规被更改，党派以及独立媒体的数目爆炸性地增长。
统一的国家
然而，异见人士还并非完全没有危险。在新秩序统治下，批判政府以及“不正确”的政治观足够让人吃上几年牢狱饭。在新秩序倒塌之后，任何威胁印尼国家统一的言论则将受到严重的处罚。
在50年代摆脱殖民统治之后而源起的南摩鹿加共和运动的支持者因在印尼总统面前反抗示威而被多年囚禁。位于印尼属新几内亚岛的巴布亚，要求独立的人们也受到监禁。
